2041 год. В результате масштабных прорывов в области кибернетики человечество получило возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Подполковник Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го отдела службы безопасности, возглавляет операцию по расследованию деятельности загадочного хакера, известного под псевдонимом Кукловод.
В ходе расследования выясняется, что Кукловод обладает уникальными способностями взламывать кибернетические импланты и манипулировать сознанием людей с продвинутыми модификациями. Кусанаги и её команда сталкиваются с серией сложных киберпреступлений, которые ставят под угрозу саму основу технологического прогресса общества.